Urzędy skarbowe, przy wydawaniu decyzji określających VAT, muszą brać pod uwagę także podatek naliczony. Jeżeli organ nie uwzględnia tej części podatku, narusza zasadę neutralności VAT, a więc podstawowego uprawnienia podatnika - prawa do odliczenia VAT związanego z wykonywaną działalnością.

Zdaniem NSA stwierdzenie, że podatnik, którego zobowiązanie zostało określone w wyniku decyzji, traci prawo do odliczenia jest nieuprawnione. Niestety, jest często praktykowane przez urzędy skarbowe i wiąże się z nałożeniem 30-proc. sankcji na podatnika. Należy mieć zasadniczo na względzie fakt, że w przypadku niektórych transakcji podatek należny jest także podatkiem naliczonym. Ma to miejsce zarówno w wewnątrzwspólnotowym nabyciu towarów, ale także przy imporcie usług.